Kemudian ketika selesai menjalani pendidikan Strata-1 di UII dan UGM, Mahfud mengambil Program Pasca Sarjana (S2) Ilmu Politik di Universitas Gajah Mada, Yogyakarta, dilanjutkan dengan Program Doktoral S3 Ilmu Hukum Tata Negara di universitas yang sama.***