Ia juga sempat menjadi pelatih Diklat Manado dan asisten pelatih Bontang, hingga akhirnya ditunjuk sebagai asisten pelatih Timnas Indonesia U-23 dan Timnas Indonesia senior tahun 2004.
Pada tahun 2014, Fakhri Husaini ditunjuk oleh PSSI untuk menangani Timnas Indonesia U-17 dan tahun berikutnya menjabat sebagai pelatih Timnas Indonesia U-19.
Baca Juga: Kakek Pelaku Cabul Balita Diamankan Polres Tasikmalaya Kota. Ancaman Hukumannya Bikin Merinding
Sosoknya sebagai pelatih memang dikenal sebagai sosok pelatih yang potensial. Terbukti, ia berhasil mengantarkan Timnas Indonesia juara pada turnamen Tien Phong Plastic Cup 2017.
Tak hanya menjadi juara, Timnas Indonesia juga menyabet penghargaan lainnya, mulai dari pemain terbaik, top skor, tim paling fair play hingga Fakhri Husaini juga diberi penghargaan sebagai pelatih terbaik.
KARIR SENIOR
Bina Taruna, 1984 - 1989
Lampung Putera, 1989 - 1990
Petrokimia, 1991 - 1992